Outil pour les études d'association pangénomiques portant sur les bactéries

Chercheurs principal : Jesse Shapiro
Thème : Développement de nouvelles technologies
Concours : Concours 2015 en bio-informatique et en génématique
Statut : En cours
Début : 1er oct. 2016
Fin : 30 sept. 2018
Budget : 250 000,00 $



Il existe un besoin pressant d'améliorer le diagnostic des infections résistantes aux antibiotiques. Les analyses diagnostiques permettent aux médecins et aux vétérinaires de prescrire le bon antibiotique au bon moment. Dans bien des cas, ces analyses sont d'une importance capitale pour réduire au minimum la morbidité et la mortalité associées à une infection et diminuer les coûts liés à la résistance bactérienne, actuellement estimés à 500 millions de dollars par année. L'un des principaux problèmes réside dans le fait qu'il faut un certain temps avant de connaître les résultats d'une culture bactérienne.


Les outils de diagnostic moléculaire pourraient offrir la possibilité d'obtenir plus rapidement les résultats au point de service, mais leur utilisation nécessite de connaître les gènes ou les mutations à rechercher, alors que les gènes responsables de la résistance bactérienne demeurent inconnus à ce jour. Jesse Shapiro (Université de Montréal) et Luis Barreiro (CHU Sainte Justine) travaillent à la mise au point d'un logiciel permettant de cibler les gènes bactériens ou les mutations associées à la résistance aux antibiotiques (ou à toute autre caractère bactérien d'intérêt), et ce, à l'aide d'études d'association pangénomiques. Ce logiciel devrait fournir le chaînon manquant entre le séquençage du génome bactérien et le développement d'outils de diagnostic moléculaire rapides et fiables. Les chercheurs, les cliniciens et les vétérinaires seront alors en mesure de prendre des décisions thérapeutiques éclairées, ce qui réduira le recours aux traitements inutiles et coûteux et améliorera la santé humaine et animale.

 

Cochercheur principal :

Luis Barreiro CHU Sainte-Justine