Outils bio-informatiques pour une épigénomique 3D intégrative

Chercheur principal : Mathieu Blanchette
Thème : Santé
Concours : Concours 2017 en bio-informatique et en génématique
Statut : En cours
Début : 1er oct. 2018
Fin : 30 sept. 2021
Budget : 1 122 405,00 $



Depuis le séquençage du génome humain au début du millénaire, les scientifiques ont accompli d’énormes progrès, en ce qui a trait à la compréhension du rôle que les gènes jouent dans notre identité, les différences entre les personnes, et notre sensibilité à des maladies comme le cancer. Les outils bio-informatiques et informatiques sont essentiels à la visualisation et à l’analyse des données génétiques, mais ils ne permettent pas d’effectuer des analyses tridimensionnelles (3D) de la façon dont l’ADN se replie sur lui-même pour se nicher dans le noyau, ce qui constitue son architecture de la chromatine. Cette structure 3D définit le fonctionnement normal du génome durant les premières étapes de la différenciation cellulaire et du développement, et elle est reconnue pour provoquer de nombreuses anomalies du développement, ainsi que le cancer.

 

Les chercheurs ont un besoin pressant d’avoir accès à des outils informatiques de nouvelle génération qui intègreraient nos connaissances de ces états tridimensionnels et leur permettraient d’utiliser de façon optimale les quantités en croissance rapide de données produites par le séquençage moderne de l’ADN. Mathieu Blanchette et son équipe de l’Université McGill créeront et mettront sur le marché des outils informatiques et statistiques améliorés pour l’analyse des données 3D dans leur contexte 3D originaire. Leurs nouveaux outils seront intégrés à la plateforme de visualisation 3D de l’équipe et aideront les scientifiques à explorer les données, à avancer de nouvelles hypothèses et à mettre ces dernières à l’épreuve dans des cadres de travail statistique rigoureux.

 

Les résultats de ce projet seront rendus largement accessibles par le biais d’un logiciel ouvert qui permettra d’effectuer des analyses statistiquement fiables de données génomiques 3D individuelles et regroupées, qui fournira un visualisateur génomique 3D fondé sur la réalité permettant une visualisation intégrée des données génomiques, et qui comprendra une trousse d’outils pour l’exploration intégrée des données génomiques et épigénomiques dans leur contexte 3D au sein du génome. Une version grand public de la plateforme de visualisation servira également pour la communication avec le public à travers des expositions dans les écoles et les musées.

 

Centre de génomique responsable : Génome Québec

 

Cochercheurs principaux : 

Jacek  Majewski 

Université McGill

Jérôme Waldispühl 

Université McGill