Création et validation d’une plateforme en ligne pour les données omiques et la toxicologie environnementale

Chercheur principal : Jianguo Xia
Thème : Environnement
Concours : Concours 2017 en bio-informatique et en génématique
Statut : En cours
Début : 1er oct. 2018
Fin : 30 sept. 2021
Budget : 1 047 507,00 $



L’évaluation des risques environnementaux est en phase de passer rapidement aux outils omiques et aux techniques de biologie des systèmes afin d’évaluer les répercussions des facteurs de stress sur la croissance, la reproduction et la survie des animaux. Malgré un vif intérêt parmi les groupes d’intervenants, il est évident que les scientifiques de la vie et de l’environnement ne peuvent pas gérer convenablement le type et les quantités de données en rapide émergence. Il n’existe pas d’outils bio-informatiques acceptés et normalisés pour organiser, analyser, visualiser et interpréter les données omiques des espèces des principales études.

 

Au cours de la dernière décennie, Jianguo Xia, de l’Université McGill, a mis au point un ensemble d’outils nuagiques pour l’analyse, la visualisation et l’interprétation des données omiques. Ces puissants outils conviviaux se sont avérés hautement populaires dans la communauté de chercheurs en santé humaine, ralliant des milliers d’utilisateurs à travers le monde. Un besoin urgent se fait sentir pour une trousse semblable d’outils omiques afin d’appuyer le nombre croissant d’études omiques dans les sciences de la vie et de l’environnement, notamment dans des domaines tels que l’exploitation minière, l’agriculture, la foresterie, l’aquaculture et la gestion de la qualité de l’eau.

 

Jianguo Xia et son collègue, Niladri Basu, mettent au point eco.OmicsAnalyst, un outil nuagique intuitif permettant l’analyse et la visualisation de telles données, en commençant par 12 espèces bio-indicatrices clés, dont des poissons, des oiseaux, des mammifères et des invertébrés. Afin de perfectionner et de valider les outils, ils entreprendront une série d’études de cas sur une classe particulièrement importante de facteurs de stress, soit la pollution chimique. Leur travail tiendra compte des utilisateurs finaux au sein des organismes gouvernementaux et des universités. Un manuel d’utilisation technique sera produit afin de favoriser l’adoption par les utilisateurs finaux.

 

En raison des étroites relations qu’entretient l’équipe de recherche avec les intervenants, il est très probable que le nouvel outil soit adopté et qu’il permette de surmonter les obstacles au traitement des données omiques auxquels se butent actuellement les scientifiques de la vie et de l’environnement. Cet outil permettra, entre autres, d’améliorer la qualité des données, l’efficacité du processus décisionnel et l’utilisation des ressources.

 

Centre de génomique responsable : Génome Québec

 

Cochercheur principal : 

Niladri Basu Université McGill