Approches d'apprentissage profond pour comprendre les mécanismes d'altération épigénétique dans le cancer sur la base de la génomique tri-dimensionnelle

Chercheur principal : Mathieu Blanchette
Thème : Intelligence artificielle (IA)/Santé
Concours : Données omiques contre le cancer (DOCC)
Statut : En cours
Début : 1er oct. 2020
Fin : 30 sept. 2022
Budget : 300 000,00 $



PROJET EN COLLABORATION AVEC IVADO ET ONCOPOLE

 

De nombreux types de cancers, notamment plusieurs types de cancers du cerveau chez l’enfant, sont causés par des mutations qui modifient la façon dont les cellules peuvent accéder à leur génome, soit l’état épigénétique des cellules. L’impact de ces cancers, souvent incurables, sur les patients et leur famille est incommensurable. Il est essentiel de déterminer quelles mutations peuvent avoir ce type de conséquences extrêmes pour aider les oncologues à mettre au point de meilleurs tests diagnostiques et de meilleurs schémas thérapeutiques. Fait intéressant, ces mutations influent souvent sur la façon dont l’ADN de la cellule se replie dans son noyau, l’empêchant ainsi d’exécuter correctement son programme de développement. Dans le cadre de ce projet, nous nous appuierons sur les récentes avancées en matière d’apprentissage machine (comme les réseaux de neurones sur graphes) pour aider à cerner ces mutations et à prédire leurs conséquences épigénétiques. Nous utiliserons de plus ces approches pour mieux comprendre le moment où ces mutations se développent, ainsi que leurs causes potentielles.


Les outils ainsi développés (algorithmes, logiciel) seront rendus disponibles à la communauté biomédicale qui pourra les utiliser pour étudier les liens entre mutations génétiques et les altérations épigénétiques et leur rôle dans le développement de plusieurs types de cancer. 


Centre de génomique responsable : Génome Québec

Partenaires : IVADO, Oncopole

Cochercheurs :

Nada Jabado Université McGill
Josée Dostie Université McGill
William Hamilton Université McGill

Utilisateurs :

Michael Taylor Sick Kids Hospital, Toronto
Guillaume Bourque Université McGill