Dépister rapidement les microbes grâce à la génomique


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Un nouvel outil basé sur des techniques de génomique permettra de dépister en 60 minutes la présence de microbes
afin de traiter sans délai les patients infectés.


Imaginez que vous vous présentez à l’urgence avec des troubles intestinaux sévères. Vous pensez avoir attrapé une gastroentérite qui ne veut pas guérir. L’infirmière au triage vous impose un prélèvement de selle et, moins d’une heure plus tard, vous obtenez un diagnostic : une infection causée par le C. difficile. Comme cette bactérie se reproduit à grande vitesse dans l’intestin, et qu’il y a risque de contamination, on vous fait tout de suite voir un médecin qui vous prescrit les antibiotiques appropriés et vous place en isolement. Trop beau pour être vrai?

Pas pour Michel G. Bergeron, chercheur et fondateur du Centre de recherche en infectiologie du CHU de Québec-Université Laval. Selon cet éminent infectiologue, l’avenir de la médecine repose sur un diagnostic rapide et précis des pathogènes afin de les traiter de manière ciblée et d’éviter ainsi de prescrire inutilement des antibiotiques. Pour atteindre cet idéal médical, il propose l’outil Revogene et ses tests moléculaires qu’il a récemment mis au point avec ses collègues. Ce laboratoire portable, de la taille d’une machine à café — qualifié de « Nespresso de la génomique » par le chercheur — devrait révolutionner le dépistage des infections, aussi bien à l’hôpital, qu’en clinique, à la pharmacie, dans les CLSC ou dans les écoles.


Revogene

Dépister en moins d’une heure

Compact et automatisé, le Revogene, commercialisé par la compagnie GenePOC, fondée par le chercheur, est facile à utiliser. « Il suffit de mettre un prélèvement de sang, de salive, de selle dans l’un des compartiments de la machine qui s’occupe ensuite de le préparer puis de détecter, d’amplifier et d’analyser l’ADN microbien qui pourrait s'y retrouver », explique-t-il. Une procédure nettement plus simple que la mise en culture des bactéries — la technique traditionnellement utilisée depuis Louis Pasteur pour détecter une infection — qui nécessite de 2 à 3 jours d’attente avant d’obtenir des résultats parfois mitigés. Par ailleurs, l’invention du Dr Bergeron et de son équipe peut traiter huit échantillons différents, en même temps.


Jusqu'à maintenant, les chercheurs ont mis en marché deux tests diagnostiques pour l’appareil. Le premier détecte les gènes codant pour les toxines du Clostridium difficile dans des échantillons de selles. « Cette bactérie est la principale cause de diarrhée infectieuse dans les établissements de soins de santé, tuant 30 000 Américains et 3 000 Canadiens par année. Son identification rapide est primordiale pour prévenir des épidémies », explique le chercheur. Le deuxième test dépiste le streptocoque de groupe B avant un accouchement. Si les futures mamans sont généralement testées pour cette bactérie vers les 35 à 37 semaines de grossesse, 20 à 30 % d’entre elles sont encore infectées par ce pathogène lors de l’accouchement. Avec ce nouvel outil, un médecin peut ainsi savoir en 35 à 45 minutes, en salle de travail, si la mère est porteuse du streptocoque B. « Si la mère est positive, on lui administre de la pénicilline afin d’éviter que le bébé ne contracte une méningite ou une pneumonie lors de l’accouchement », précise-t-il.  


Sur la route de l’innovation

L’idée derrière Revogene a germé dans l’esprit du Dr Bergeron en 1985 : « Je me suis levé un matin en me disant qu’il fallait améliorer le diagnostic des infections afin de diminuer le recours inutile aux antibiotiques et, ainsi, lutter contre la résistance bactérienne ». Selon les Nations Unies, la résistance des bactéries aux antibiotiques est une crise mondiale qui compromet notre capacité à traiter des infections courantes. Le problème vient notamment du fait que plus de 50 % des antibiotiques sont utilisés en vain pour traiter des infections virales dont les symptômes s’apparentent à ceux d’une bactérie.


Avec le développement de la génétique, puis de la génomique, Michel G. Bergeron s’est dit qu’il serait possible, d’une part de repérer rapidement la nature des pathogènes (virus ou bactérie) grâce à leur ADN/ARN, mais aussi d’identifier, dans le cas des bactéries, les gènes de résistance impliqués afin de prescrire les bons antibiotiques pour les déjouer. « Pour ce faire, nous avons amélioré et adapté la méthode d’amplification de l’ADN, le PCR (Polymerase Chain Reaction), pour obtenir un diagnostic en temps réel. Cette technique permet de reconnaître, puis de multiplier des milliers de fois des séquences d’ADN spécifiques aux microbes. Grâce à une meilleure préparation de l’échantillon, nous avons été capables de réduire le temps d’identification de l’ADN d’un microbe à seulement une heure, une tâche qui prend traditionnellement plusieurs heures », raconte le chercheur.


Après avoir créé en 1995 l’entreprise Infectio Diagnostic pour valoriser cette expertise, Michel G. Bergeron a remis son chapeau d’entrepreneur en 2008 pour fonder GenePOC et commercialiser Revogene. « Cette année, GenePOC devrait notamment mettre sur le marché un test pour le streptocoque de type A, communément appelé bactérie mangeuse de chair », révèle-t-il. Une fois que tous les tests développés ou en cours de production auront été homologués au Canada, aux États-Unis et en Europe, Revogene devrait envahir les cliniques et, comme l’espère le Dr Bergeron, se retrouver dans une pharmacie près de chez vous.

Michel G. Bergeron

« Il suffit de mettre un prélèvement de sang, de salive, de selle dans l’un des compartiments de la machine qui s’occupe ensuite de le préparer puis de détecter, d’amplifier et d’analyser l’ADN microbien qui pourrait s'y retrouver.»


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