Initiatives de Génome Québec contre la COVID-19

Lutter contre la COVID-19
Grâce à la génomique



Gagner la lutte contre la pandémie grâce à la génomique

Dès le mois d’avril 2020, en pleine crise de la COVID-19, Génome Québec n’a pas hésité : l’organisme s’est mobilisé pour soutenir le gouvernement et les chercheurs québécois dans la lutte acharnée qui se mettait en place contre le coronavirus.

 

Avec la collaboration des joueurs clés du domaine de la santé et de la recherche scientifique du Québec et du Canada, et grâce à l’expertise de ses équipes et à ses infrastructures à la fine pointe technologique, Génome Québec a contribué à des initiatives majeures en génomique pour trouver des moyens de combattre la COVID-19 :

- financement de projets génomiques sur la COVID-19

- participation majeure au réseau RCanGéCo (CanCOGeN);

- création de la Biobanque québécoise de la COVID-19;

- mobilisation du Centre d’expertise et de services Génome Québec;

- mobilisation de la Biobanque Génome Québec et CIUSSS du Saguenay–Lac-Saint-Jean;

- lancement d'un appel à projets pour lequel le ministère de l’Économie et de l’Innovation nous a mandatés.

 

Les résultats issus de ces projets contribuent chaque jour à accélérer la recherche, à développer des traitements et de potentiels vaccins contre la maladie. Grâce à la génomique, les chercheurs et les décideurs publics seront ainsi mieux outillés pour faire face, dans un avenir rapproché, à d’autres vagues éventuelles de la COVID-19 ainsi qu’à d’autres types de virus.

Séquençage

Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) — Axe VirusSeq, Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ)

Financeur : Génome Canada
Chercheurs : Michel Roger et Sandrine Moreira (LSPQ)

 

RCanGéCO, un consortium dirigé par Génome Canada, a comme mission de traquer le virus SRAS-CoV-2 causant la COVID-19 :  son origine, sa propagation son évolution au sein de la population canadienne et le rôle de certains facteurs génétiques associés à la maladie. Le consortium fournira, en temps réel, des données aux autorités de santé publique pour la prise de décision pendant la pandémie. Le réseau veut également devenir une plateforme nationale qui permettra de réagir rapidement face à de futures éclosions de coronavirus et à d’autres pandémies.

Génome Québec est impliqué avec le LSPQ dans l’axe VirusSeq du consortium, dont le mandat est de récolter et d’analyser quelque 150 000 séquences virales provenant de patients ayant obtenu un diagnostic positif à la COVID-19.

Le LSPQ, qui se charge du séquençage, estime pouvoir livrer 42 000 séquences virales, soit près de 30 % de l’objectif de l’axe VirusSeq. Le séquençage sera principalement réalisé en utilisant les infrastructures du Centre d’expertise et de services de Génome Québec (CES).

Toutes les séquences de VirusSeq seront téléversées dans la base de données GISAID, qui favorise l’échange rapide des données sur tous les virus de l’influenza et le coronavirus responsable de la COVID-19. En date du 31 mars 2021, VirusSeq dénombre 24 437 séquences virales téléversées (4 203 venant du LSPQ) dans GISAID et 68 546 séquences d’échantillons viraux ont été obtenues (14 117 venant du LSPQ).

Grâce à sa gestion des données de séquençage, cliniques, épidémiologiques pour chaque échantillon positif au SARS-CoV-2, le LSPQ, dans ses capacités d’aviseur aux autorités de santé publique, a fait des recommandations au Comité d’immunisation du Québec afin d’orienter la priorisation des types de vaccins selon les variants en circulation dans les différentes régions du Québec. Également depuis décembre 2020, le LSPQ surveille de près l’introduction de nouveaux variants du SARS-CoV-2 via le séquençage d’échantillons de voyageurs et a effectué la surveillance rapprochée de plusieurs éclosions locales pour orienter les mesures de restrictions à mettre en place.

 


Retombées

Notamment, le LSPQ a contribué à un premier article décrivant l’introduction du SARS-CoV-2 dans la province de Québec. Cet article décrit l’analyse de 734 échantillons viraux des premiers patients ayant reçu un diagnostic positif de COVID-19 recueillis entre la mi-février et le 1er avril 2020  (Genomic epidemiology of early introductions of SARS-CoV-2 into the Canadian province of Québec - SARS-CoV-2 coronavirus / nCoV-2019 Genomic Epidemiology - Virological). L’article fait état de la situation singulière dans la province de Québec où la semaine de relâche s’est tenue avant l’imposition de restrictions de voyage au Canada et la fermeture des frontières. Il dénombre environ 247 évènements d’introductions distincts du virus dans la province. L’analyse phylogénique et épidémiologique des séquences virales révèle également que les sources de provenance du virus sont majoritairement Européennes, d’Amérique latine et des Caraïbes ainsi que des États-Unis d’Amérique, des destinations populaires lors de la semaine de relâche.


Dans un second article publié par le LSPQ le 26 mars 2021 (A small number of early introductions seeded widespread transmission of SARS-CoV-2 in Québec, Canada | medRxiv), l’équipe du LSPQ analyse en profondeur un plus large éventail de données génétiques et brosse un portrait phylogénétique de la transmission du SARS-CoV-2 au Québec. L’article vient renforcer les conclusions de leur premier article et réitère qu’en absence de restrictions de voyage strictes lors de la semaine de relâche au printemps 2020, un petit nombre d’introductions a permis l’établissement du virus dans la province de Québec.

Articles scientifiques par le LSPQ

https://virological.org/t/genomic-epidemiology-of-early-introductions-of-sars-cov-2-into-the-canadian-province-of-quebec/553

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.20.21253835v1



Liens d'intérêts

https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co



Aperçu de la couverture médiatique 

Presse écrite
2020 09 28 – COVID-19: quelle est l'origine des virus retrouvés au Québec? Entrevue de S. Moreira par Annie Labrecque, Québec Science
https://www.quebecscience.qc.ca/sante/covid-19-origine-virus-retrouves-quebec/

2020 09 23 – 247 voyageurs à l'origine de l'épidémie au Québec. Entrevue de S. Moreira et J. Shapiro par Pauline Graveil, Le Devoir.
https://www.ledevoir.com/societe/sante/586477/la-covid-comme-souvenir-de-voyage

2020 09 22 – La faute à la semaine de relâche, disent des chercheurs. Entrevue de S. Moreira et J Shapiro par Nora T. Lamontagne. Le Journal de Montréal.
https://www.journaldemontreal.com/2020/09/22/la-faute-a-la-semaine-de-relache-disent-des-chercheurs

2020 07 01 – Deux biobanques pour lutter contre la COVID-19. Entrevue de S. Moreira par Annie Labrecque.
https://www.quebecscience.qc.ca/sante/biobanques-lutter-covid/


Radio

2020 09 27 – La semaine de relâche, bougie d'allumage de la pandémie au Québec. Entrevue S. Moreira avec Sophie-André Blondin, Les années lumières, Radio Canada

2020 09 23 – Semaine de relâche et COVID-19 : plus de 240 voyageurs à l'origine de l'épidémie au Québec. Entrevue G. Bourque 98,5 FM pour l'émission de Bernard Drainville
https://www.985fm.ca/audio/334786/semaine-de-relache-et-covid-19plus-de-240-voyageurs-a-lorigine-de-lepidemie-au-quebec

2020 09 22 – Les voyageurs durant la semaine de relâche ont infecté le Québec. Entrevue de S. Moreira avec Benoît Dutrizac à QUB radio
https://www.qub.radio/balado/evolution-de-la-pandemie-covid-19/episode/les-voyageurs-durant-la-semaine-de-rel-che-ont-inf


Informations en ligne

2020 09 24 – Quebec's early March break contributed to province's spring woes, study suggests. CBC News
https://www.cbc.ca/news/canada/montreal/fewer-250-travellers-quebec-covid-19-1.5736000

2020 09 23 – Global News. New study finds 247 people brought COVID-19 to Quebec from abroad during March break 2020. Entrevue S. Moreira et J. Shapiro avec Dan Spector
https://globalnews.ca/news/7354322/new-study-coronavirus-quebec-march-break-2020/


Télé

2020 09 22 – Entrevue de J. Shapiro par Bruno Savard, Téléjournal Radio Canada
https://ici.radio-canada.ca/tele/le-telejournal-quebec/site/episodes/482331/episode-du-22-septembre-2020

 


Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) — Axe VirusSeq, Éthique et Gouvernance

Financeur : Génome Canada
Chercheur : Yann Joly (Centre de génomique et politiques, Université McGill)

Afin de partager les données générées par l’axe VirusSeq, l’équipe du Pr Joly travaille à établir une stratégie harmonisée au niveau national, qui correspond aux standards internationaux, aux exigences éthiques ainsi qu’à la législature courante.

Pour ce faire, l’équipe s’affaire à :

  1. Comparer les pratiques de partage de données de pathogènes et de métadonnées associées provenant de quatre pays partenaires (Royaume-Uni, France, Australie et États-Unis);
  2. Mettre au point des politiques, des outils et des engagements nécessaires, afin de permettre le partage des données virales générées au Québec et à travers le Canada.
  3. Élaborer une documentation pertinente comme des formulaires de consentement, des documents d’accès aux données et des formulaires d’ententes interorganisationnelles.

Le groupe du Pr Joly joue un rôle consultatif au sein de l’axe VirusSeq : il prodigue conseils et orientations sur toute question concernant les aspects ou problématiques reliés au partage de données, à la protection des données, à la valorisation de la recherche ainsi qu’à l’aspect d’équité, diversité et inclusion (EDI) de l’initiative. 

 

Liens d'intérêts

https://virusseq.ca/
Données en temps réel au Québec : https://www.inspq.qc.ca/covid-19/donnees
https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co
https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co/rcang%C3%A9co-virusseq
https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co/gouvernance
https://www.genomecanada.ca/en/news/blog/tackling-covid-19-through-genomics-data-sharing-qa-dr-yann-joly
https://www.inspq.qc.ca/
https://www.inspq.qc.ca/lspq/accueil
https://covseq.ca/
https://www.gisaid.org/
Infographiques intéressantes (anglais seulement): https://virusseq.ca/resources/infographics/
https://www.nationalacademies.org/event/07-13-2020/opportunities-and-challenges-for-using-digital-health-applications-in-oncology-a-workshop

 


Aperçu de la couverture médiatique

https://ici.radio-canada.ca/premiere/emissions/les-annees-lumiere/segments/reportage/193384/sras-cov-2-sequence-genome-virus-mutation-variation

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