Développement d’une nouvelle approche protéogénomique permettant l’identification des spectres de peptides associés au CMH I à l’aide d’algorithmes d’apprentissage profond

Chercheur principal : Pierre Thibault
Thème : Santé
Concours : Concours 2017 : Financement de projets de recherche fondamentale IVADO
Statut : Terminé
Début : 15 janv. 2018
Fin : 14 janv. 2021
Budget : 174 026,00 $



PROJET COFINANCÉ PAR IVADO


L’immunothérapie est un traitement récent et efficace pour certains types de cancer. Des molécules appelées complexes majeurs d’histocompatibilité de classe I (CMH I) jouent un rôle central dans ce type de thérapie. Les différents CMH I sont présents à la surface des cellules et servent à présenter au système immunitaire un éventail de courts fragments représentant l’activité interne de la cellule. Ces peptides sont appelés peptides associés au CMH I ou PAC.

Les cellules du système immunitaire peuvent juger si les PAC sont « inoffensifs » ou « anormales », et élimineront les cellules présentant les PAC anormaux. C’est de cette façon dont le système immunitaire surveille et contrôle la présence de cellules infectées ou l’apparition spontanée de cellules cancéreuses. L’immunothérapie tire avantage de ce système et l’une des stratégies est la création de vaccins se servant de PAC spécifiques au cancer ciblé. Ces vaccins stimulent le système immunitaire du patient pour éliminer des cellules cancéreuses. L'identification des PAC propres à la tumeur d’un patient représente une étape clé dans le développement d'une immunothérapie anti-cancer efficace et personnalisée. Ce projet vise à développer une nouvelle approche informatique afin d’identifier des PAC à l’aide des méthodes de réseaux de neurones profonds qui seront appliquées sur d'importants jeux de données de séquençage d’ARN et de données de spectrométrie de masse en tandem (MS/ MS). Ce projet est conçu pour simplifier l’identification des PAC et augmenter la fiabilité de ces identifications et, ainsi, augmenter le nombre de PAC potentiels à cibler pour le développement des vaccins anti-cancer.

 

Centre de génomique responsable : Génome Québec


Partenaire : IVADO

 

Cochercheurs :

Sébastien Lemieux Université de Montréal
Yoshua  Bengio Université de Montréal
Claude Perreault Université de Montréal