Initiatives de Génome Québec contre la COVID-19

Lutter contre la COVID-19
Grâce à la génomique



Gagner la lutte contre la pandémie grâce à la génomique

Dès le mois d’avril 2020, en pleine crise de la COVID-19, Génome Québec n’a pas hésité : l’organisme s’est mobilisé pour soutenir le gouvernement et les chercheurs québécois dans la lutte acharnée qui se mettait en place contre le coronavirus.

 

Avec la collaboration des joueurs clés du domaine de la santé et de la recherche scientifique du Québec et du Canada, et grâce à l’expertise de ses équipes et à ses infrastructures à la fine pointe technologique, Génome Québec a contribué à des initiatives majeures en génomique pour trouver des moyens de combattre la COVID-19 :

- financement de projets génomiques sur la COVID-19

- participation majeure au réseau RCanGéCo (CanCOGeN);

- création de la Biobanque québécoise de la COVID-19;

- mobilisation du Centre d’expertise et de services Génome Québec;

- mobilisation de la Biobanque Génome Québec et CIUSSS du Saguenay–Lac-Saint-Jean;

- lancement d'un appel à projets pour lequel le ministère de l’Économie et de l’Innovation nous a mandatés.

 

Les résultats issus de ces projets contribuent chaque jour à accélérer la recherche, à développer des traitements et de potentiels vaccins contre la maladie. Grâce à la génomique, les chercheurs et les décideurs publics seront ainsi mieux outillés pour faire face, dans un avenir rapproché, à d’autres vagues éventuelles de la COVID-19 ainsi qu’à d’autres types de virus.

Biobanquage

Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19) et Axe HostSeq de RCanGéCO

Financeurs : Agence de la santé publique du Canada (7 M$), Fonds de recherche Santé Québec (1,5 M$), Génome Québec (1,5 M$)
Chercheurs : Vincent Mooser (Université McGill) et Daniel Kaufmann (Université de Montréal)

Pour lutter contre la COVID-19, il faut avant toute chose récolter des échantillons biologiques et des données médicales de haute qualité, provenant de patients infectés par le coronavirus. Les Fonds de recherche du Québec – Santé (FRQS) et Génome Québec ont ainsi mandaté un regroupement de chercheurs de la province pour mettre sur pied la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), qui contiendra de telles données. La BQC19 offre l'infrastructure requise pour partager et soutenir les efforts de recherche provinciaux, nationaux et internationaux en lien avec la prévention, le traitement et la gestion épidémiologique et populationnelle de la COVID-19. La BQC19 a la particularité d'être «décentralisée», c'est-à-dire que les échantillons qu'elle contient se retrouvent et sont répertoriés dans onze centres hospitaliers à travers le Québec :

• CIUSS de l'Estrie – CHUS
• CIUSS du Saguenay–Lac-Saint-Jean
• CUSM
• CHUSJ
• CHUM
• IUCPQ
• CHU de Québec
• HMR
• HSCM
• Hôpital général juif
• Institut universitaire en santé mentale Douglas

Afin de pouvoir identifier des indicateurs génétiques pouvant prédire l'apparition et la sévérité des symptômes de la COVID-19, les analyses de la BQC19 porteront sur trois types d'échantillons :

  1. Échantillons de patients présentant un cas sévère de COVID-19, nécessitant l'hospitalisation et ayant reçu un résultat positif à un test PCR contre le SRAS-CoV-2 et contrôles négatifs associés.
  2. Échantillons de patients présentant un cas modéré de COVID-19, et ayant reçu un résultat positif à un test PCR contre le SRAS-CoV-2 et contrôles négatifs associés.
  3. Échantillons de patients présentant un cas léger ou asymptomatique de COVID-19. Ces individus sont recrutés en même temps que les échantillons du groupe #1 et leur infection au SRAS-CoV-2 est déterminée par test sérologique.

Au total, les chercheurs désirent recueillir et séquencer environ 4 500 génomes de patients humains. En date du 31 mars 2021, ils ont recruté 2 600 patients et récolté environ 20 000 échantillons.

La biobanque procédera également à une analyse multi-omiques sur 2 000 échantillons recueillis (1 600 cas positifs de patients hospitalisés et 400 cas positifs de patients non-hospitalisés ou cas négatifs) afin de maximiser l’utilisation des échantillons et de mettre les données générées à la disposition des chercheurs. Les analyses prévues sont le séquençage du génome entier, la transcriptomique des patients, l’immuno-sérologie, la métabolomique, mesure de l’inflammation et santé générale et une analyse de la signature protéomique des patients.

L'initiative de la biobanque est en outre associée à l'axe HostSeq de RCanGéCO, dont l'objectif est de déterminer les caractéristiques génomiques, pouvant expliquer les différents degrés de sévérité de la maladie, en reliant les données génomiques d'un patient avec son profil médical sur la COVID-19. Pour ce faire, les chercheurs de HostSeq veulent séquencer quelque 10 000 génomes de Canadiens, qui ont été infectés par le SRAS-CoV-2 et qui présentent des symptômes variés de la COVID-19. Ils utiliseront l'approche « par cohortes » qui consiste à obtenir des échantillons auprès de différentes initiatives de recherche qui recrutent leurs patients, comme la BQC19.

Les données probantes issues du projet HostSeq viendront supporter le développement de stratégies thérapeutiques et de vaccins anti-COVID.



Liens d'intérêts

https://www.bqc19.ca/fr
https://www.bqc19.ca/fr/acces-donnees-echantillons
https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co/rcang%C3%A9co-hostseq
http://www.cgen.ca/project-overview
\\srvdfs01.gq.int\GQ-Fichiers\Documents\GESTION DE PROJETS-COMMERCIALISATION\CONCOURS GC 2020 CanCOGen\CGEN-HostSeq Presentation 20200618.pptx



Aperçu de la couverture médiatique

https://www.ledevoir.com/societe/science/589715/une-annee-intense-pour-la-recherche-scientifique
https://www.ledevoir.com/societe/science/577436/une-biobanque-quebecoise-pour-mieux-lutter-contre-la-covid-19
https://ici.radio-canada.ca/premiere/emissions/les-annees-lumiere/segments/reportage/163870/biobanque-quebecoise-covid-19-recherche-genome-biomarqueur-patient
https://nouvelles.umontreal.ca/article/2020/04/01/creation-d-une-biobanque-quebecoisesur-la-covid-19/

Publications impliquant la BQC-19

https://www.nature.com/articles/s41591-021-01281-1
https://www.jci.org/articles/view/145853
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0245031
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.10.21252820v1
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.07.21252875v1



Lien entre VirusSeq et HostSeq de RCanGéCO

Dans le but de maximiser les retombées de la recherche réalisée par les chercheurs des deux axes VirusSeq et HostSeq, le consortium RCanGéCO a mis sur pied un comité de coordination pour élaborer et soutenir une stratégie de partage des données. Le Québec est bien positionné dans ce contexte grâce à la présence du LSPQ et de la création de la BQC19, une infrastructure fédératrice.



Biobanque Génome Québec et CIUSSS du Saguenay–Lac-Saint-Jean

La Biobanque de Génome Québec adjacente à l'hôpital de Chicoutimi entrepose depuis le début de la pandémie des dizaines de milliers de prélèvements nasopharyngés de personnes atteintes de la COVID-19, en provenance des différents hôpitaux du Québec.
Ces échantillons viraux sont envoyés au Centre d'expertise et de services de Génome Québec, qui aura pour tâche de les séquencer dans le cadre de l'initiative RCanGéCO.

Les prélèvements congelés et entreposés à la Biobanque de Génome Québec permettent aux chercheurs du réseau pancanadien de mieux suivre et de mieux comprendre l'évolution de la pandémie, et d'ainsi fournir au Laboratoire de santé publique (LSPQ) les informations nécessaires pour effectuer des recommandations aux décideurs publics.

La disponibilité de matériel biologique humain d'excellente qualité, et bien documenté depuis le début de la pandémie, servira de référence à plus long terme pour la communauté de recherche du Québec.

En date du 25 mai 2021, la biobanque Génome Québec entrepose quelques 250 000 échantillons viraux, soit près de 45% des cas positifs répertoriés au Québec.



Aperçu de la couverture médiatique

https://ici.radio-canada.ca/nouvelle/1730968/depistage-coronavirus-biobanque-genome-quebec
https://www.facebook.com/radiocanada.info/videos/377397830328334

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