Initiatives de Génome Québec contre la COVID-19

Lutter contre la COVID-19
Grâce à la génomique



Gagner la lutte contre la pandémie grâce à la génomique

Dès le mois d’avril 2020, en pleine crise de la COVID-19, Génome Québec n’a pas hésité : l’organisme s’est mobilisé pour soutenir le gouvernement et les chercheurs québécois dans la lutte acharnée qui se mettait en place contre le coronavirus.

 

Avec la collaboration des joueurs clés du domaine de la santé et de la recherche scientifique du Québec et du Canada, et grâce à l’expertise de ses équipes et à ses infrastructures à la fine pointe technologique, Génome Québec a contribué à des initiatives majeures en génomique pour trouver des moyens de combattre la COVID-19 :

- financement de projets génomiques sur la COVID-19

- participation majeure au réseau RCanGéCo (CanCOGeN);

- création de la Biobanque québécoise de la COVID-19;

- mobilisation du Centre d’expertise et de services Génome Québec;

- mobilisation de la Biobanque Génome Québec et du CIUSSS du Saguenay–Lac-Saint-Jean;

- lancement d'un appel à projets pour lequel le ministère de l’Économie et de l’Innovation nous a mandatés.

 

Les résultats issus de ces projets contribuent chaque jour à accélérer la recherche, à développer des traitements et de potentiels vaccins contre la maladie. Grâce à la génomique, les chercheurs et les décideurs publics seront ainsi mieux outillés pour faire face, dans un avenir rapproché, à d’autres vagues éventuelles de la COVID-19 ainsi qu’à d’autres types de virus.

Séquençage

Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) — Axe VirusSeq, Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ)

Financeur : Génome Canada
Chercheurs : Michel Roger et Sandrine Moreira (LSPQ)

 

RCanGéCO, un consortium dirigé par Génome Canada, a comme mission de traquer le virus SARS-CoV-2 causant la COVID-19 :  son origine, sa propagation son évolution au sein de la population canadienne et le rôle de certains facteurs génétiques associés à la maladie. Le consortium fournira, en temps réel, des données aux autorités de santé publique pour la prise de décision pendant la pandémie. Le réseau veut également devenir une plateforme nationale qui permettra de réagir rapidement face à de futures éclosions de coronavirus et à d’autres pandémies.

Génome Québec est impliqué avec le LSPQ dans l’axe VirusSeq du consortium, dont le mandat est de récolter et d’analyser quelque 150 000 séquences virales provenant de patients ayant obtenu un diagnostic positif à la COVID-19.

Le LSPQ, qui se charge du séquençage, estime pouvoir livrer 42 000 séquences virales, soit près de 30 % de l’objectif de l’axe VirusSeq. Le séquençage sera principalement réalisé en utilisant les infrastructures du Centre d’expertise et de services de Génome Québec (CES).

Toutes les séquences de VirusSeq seront téléversées dans la base de données GISAID, qui favorise l’échange rapide des données sur tous les virus de l’influenza et le coronavirus responsable de la COVID-19. En date du 30 septembre 2020, VirusSeq a téléversé 1 698 séquences virales (725 venant du LSPQ) dans GISAID, alors que 14 477 séquences d’échantillons viraux ont été obtenues (3 389 venant du LSPQ).

Le « pipeline d’analyse bio-informatique » utilisé par le LSPQ pour la production de séquences est intégré aux serveurs de Calcul Canada et est disponible pour la communauté scientifique. 



Retombées

Le LSPQ a contribué à un premier article scientifique traçant un portrait de l’introduction du SARS-CoV-2 dans la province de Québec. Cet article décrit l’analyse de 734 échantillons viraux des premiers patients diagnostiqués avec la COVID-19, recueillis entre la mi-février et le 1er avril 2020 (https://virological.org/t/genomic-epidemiology-of-early-introductions-of-sars-cov-2-into-the-canadian-province-of-quebec/553). À cause de la semaine de relâche, qui s’est tenue avant l’imposition des restrictions de voyage au Canada et la fermeture des frontières, le Québec a vécu une situation singulière, caractérisée par environ 247 voies d’entrées distinctes du virus. L’analyse des liens de parenté entre les échantillons (analyse phylogénique) et de la fréquence et de la répartition du virus (analyse épidémiologique) révèle que le coronarivus a été introduit au Québec principalement d’Europe, d’Amérique latine, des Caraïbes, ainsi que des États-Unis, des destinations populaires lors de la semaine de relâche.



Liens d'intérêts

https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co



Aperçu de la couverture médiatique 

Presse écrite
2020 09 28 – COVID-19: quelle est l'origine des virus retrouvés au Québec? Entrevue de S. Moreira par Annie Labrecque, Québec Science
https://www.quebecscience.qc.ca/sante/covid-19-origine-virus-retrouves-quebec/

2020 09 23 – 247 voyageurs à l'origine de l'épidémie au Québec. Entrevue de S. Moreira et J. Shapiro par Pauline Graveil, Le Devoir.
https://www.ledevoir.com/societe/sante/586477/la-covid-comme-souvenir-de-voyage

2020 09 22 – La faute à la semaine de relâche, disent des chercheurs. Entrevue de S. Moreira et J Shapiro par Nora T. Lamontagne. Le Journal de Montréal.
https://www.journaldemontreal.com/2020/09/22/la-faute-a-la-semaine-de-relache-disent-des-chercheurs

2020 07 01 – Deux biobanques pour lutter contre la COVID-19. Entrevue de S. Moreira par Annie Labrecque.
https://www.quebecscience.qc.ca/sante/biobanques-lutter-covid/


Radio

2020 09 27 – La semaine de relâche, bougie d'allumage de la pandémie au Québec. Entrevue S. Moreira avec Sophie-André Blondin, Les années lumières, Radio Canada

2020 09 23 – Semaine de relâche et COVID-19 : plus de 240 voyageurs à l'origine de l'épidémie au Québec. Entrevue G. Bourque 98,5 FM pour l'émission de Bernard Drainville
https://www.985fm.ca/audio/334786/semaine-de-relache-et-covid-19plus-de-240-voyageurs-a-lorigine-de-lepidemie-au-quebec

2020 09 22 – Les voyageurs durant la semaine de relâche ont infecté le Québec. Entrevue de S. Moreira avec Benoît Dutrizac à QUB radio
https://www.qub.radio/balado/evolution-de-la-pandemie-covid-19/episode/les-voyageurs-durant-la-semaine-de-rel-che-ont-inf


Informations en ligne

2020 09 24 – Quebec's early March break contributed to province's spring woes, study suggests. CBC News
https://www.cbc.ca/news/canada/montreal/fewer-250-travellers-quebec-covid-19-1.5736000

2020 09 23 – Global News. New study finds 247 people brought COVID-19 to Quebec from abroad during March break 2020. Entrevue S. Moreira et J. Shapiro avec Dan Spector
https://globalnews.ca/news/7354322/new-study-coronavirus-quebec-march-break-2020/


Télé

2020 09 22 – Entrevue de J. Shapiro par Bruno Savard, Téléjournal Radio Canada
https://ici.radio-canada.ca/tele/le-telejournal-quebec/site/episodes/482331/episode-du-22-septembre-2020

 


Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) — Axe VirusSeq, Éthique et Gouvernance

Financeur : Génome Canada
Chercheur : Yann Joly (Centre de génomique et politiques, Université McGill)

Afin de partager les données générées par l’axe VirusSeq, l’équipe du Pr Joly travaille à établir une stratégie harmonisée au niveau national, qui correspond aux standards internationaux, aux exigences éthiques ainsi qu’à la législature courante.

Pour ce faire, l’équipe s’affaire à :

  1. Comparer les pratiques de partage de données de pathogènes et de métadonnées associées provenant de quatre pays partenaires (Royaume-Uni, France, Australie et États-Unis);
  2. Mettre au point des politiques, des outils et des engagements nécessaires, afin de permettre le partage des données virales générées au Québec et à travers le Canada.
  3. Élaborer une documentation pertinente comme des formulaires de consentement, des documents d’accès aux données et des formulaires d’ententes interorganisationnelles.

Le groupe du Pr Joly joue un rôle consultatif au sein de l’axe VirusSeq : il prodigue conseils et orientations sur toute question concernant les aspects ou problématiques reliés au partage de données, à la protection des données, à la valorisation de la recherche ainsi qu’à l’aspect d’équité, diversité et inclusion (EDI) de l’initiative. 

 

Liens d'intérêts

https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co
https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co/rcang%C3%A9co-virusseq
https://www.genomecanada.ca/fr/rcang%C3%A9co/gouvernance
https://www.inspq.qc.ca/
https://www.inspq.qc.ca/lspq/accueil
https://virological.org/t/genomic-epidemiology-of-early-introductions-of-sars-cov-2-into-the-canadian-province-of-quebec/553
https://covseq.ca/
https://www.gisaid.org/



Aperçu de la couverture médiatique

https://ici.radio-canada.ca/premiere/emissions/les-annees-lumiere/segments/reportage/193384/sras-cov-2-sequence-genome-virus-mutation-variation

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