Initiatives de Génome Québec contre la COVID-19

Lutter contre la COVID-19
Grâce à la génomique



Gagner la lutte contre la pandémie grâce à la génomique

Dès le mois d’avril 2020, en pleine crise de la COVID-19, Génome Québec n’a pas hésité : l’organisme s’est mobilisé pour soutenir le gouvernement et les chercheurs québécois dans la lutte acharnée qui se mettait en place contre le coronavirus.

 

Avec la collaboration des joueurs clés du domaine de la santé et de la recherche scientifique du Québec et du Canada, et grâce à l’expertise de ses équipes et à ses infrastructures à la fine pointe technologique, Génome Québec a contribué à des initiatives majeures en génomique pour trouver des moyens de combattre la COVID-19 :

- financement de projets génomiques sur la COVID-19

- participation majeure au réseau RCanGéCo (CanCOGeN);

- création de la Biobanque québécoise de la COVID-19;

- mobilisation du Centre d’expertise et de services Génome Québec;

- mobilisation de la Biobanque Génome Québec et CIUSSS du Saguenay–Lac-Saint-Jean;

- lancement d'un appel à projets pour lequel le ministère de l’Économie et de l’Innovation nous a mandatés.

 

Les résultats issus de ces projets contribuent chaque jour à accélérer la recherche, à développer des traitements et de potentiels vaccins contre la maladie. Grâce à la génomique, les chercheurs et les décideurs publics seront ainsi mieux outillés pour faire face, dans un avenir rapproché, à d’autres vagues éventuelles de la COVID-19 ainsi qu’à d’autres types de virus.

Services scientifiques

Soutien au dépistage de la COVID-19

Afin de faire suite à l’offre de collaboration de Génome Québec, transmise à la ministre de la Santé et des Services sociaux, le Centre d’expertise et de services Génome Québec (CESGQ) a été mis à contribution afin de participer à l’effort québécois de dépistage, en partenariat avec le CHU Sainte-Justine. Plusieurs techniciens de laboratoire du CESGQ ont suivi une formation, afin d’analyser les prélèvements effectués lors des tests de détection. Ils sont ainsi en mesure de fournir les résultats d’analyses sur lesquels se basent les médecins pour diagnostiquer, ou non, le nouveau coronavirus chez un patient.

 

Variants d'intérêt

Le génome de référence du virus SARS-CoV-2 causant la COVID-19 a été déterminé par séquençage et rapporté en février 2020 (Wu et al., Cell Host & Microbes). Un variant du virus est défini par l’Institut de santé publique du Québec comme un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence. Les mutations du génome viral représentent tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

L’Organisme mondial de la santé (OMS) défini les caractéristiques d’un variant d’intérêt (VOI) du SARS-CoV-2 comme :

  1. Étant un isolat de SARS-CoV-2 possédant un changement phénotypique comparé à un isolat viral de référence ou ayant des mutations dans son génome changeant un ou plusieurs acides aminés entrainant un changement phénotypique; et
  2. Ayant été identifié comme causant de la transmission communautaire / plusieurs cas de COVID-19 / un groupe d’infection ou a été détecter dans plusieurs pays; et
  3. Ayant été identifier par l’OMS comme VOI.

Toujours selon l’OMS, un VOI sera réputé de « variant préoccupant ou VOC » s’il a été démontré que celui-ci est associé avec :

  1. Une hausse du taux de transmission communautaire ou par un changement néfaste de l’épidémiologie de la COVID-19;
  2. Une augmentation de la virulence ou un changement clinique de la maladie;
  3. Une diminution de l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou de son dépistage, des remèdes thérapeutiques ou vaccins; ou
  4. Ayant été identifier par l’OMS comme VOC.

Suivant les efforts de surveillance à travers le globe, divers VOCs ont été identifiées par les autorités de santé publiques. La table ci-dessous recense les variants caractérisés pour l’instant.

 

Table 1 : Liste des variants préoccupants du SARS-CoV-2 tel que défini par l’OMS et certaines de leurs caractéristiques

VOC

Première détection

Caractéristiques

Alpha (B.1.1.7)

 

 

Royaume-Uni

 

  • Taux de transmission accrue
  • Hausse de la sévérité des symptômes observés

Présence au Québec depuis décembre 2020

Mutations clés : Protéine Spicule – del 69/70, del Y144, N501Y, A570D, D614G, P681H

Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England

Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7

Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study

Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021

Bêta (B.1.351)

 

 

Afrique du Sud

  • Taux de transmission accrue
  • Légère neutralisation des traitements par anticorps polyclonaux
  • Indication de légère résistance aux vaccins approuvés

Présence au Québec depuis octobre 2020

Mutations clés : Protéine Spicule – K417N, E484K, N501Y, D614G

Estimates of severity and transmissibility of novel SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 in South Africa

Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant

Novavax COVID-19 Vaccine Demonstrates 89.3% Efficacy in UK Phase 3 Trial

Johnson & Johnson COVID-19 Vaccine Authorized by U.S. FDA For Emergency Use - First Single-Shot Vaccine in Fight Against Global Pandemic

Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021

Gamma (P.1)

 

 

 

Brésil

  • Taux de transmission accrue
  • Légère neutralisation des traitements par anticorps polyclonaux
  • Indication de légère résistance aux vaccins approuvés

Présence au Québec depuis mars 2021

Mutations clés : Protéine Spicule – K417T, E484K, N501Y, D614G

«Characteristics of SARS-CoV-2 variants of concern B.1.1.7, B.1.351 or P.1: data from seven EU/EEA countries, weeks 38/2020 to 10/2021»

«Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization»

Delta (B.1.617)

 

 

Inde

  • Taux de transmission accrue
  • Légère neutralisation des traitements par anticorps polyclonaux
  • Indication de légère résistance aux vaccins approuvés

Présence au Québec depuis mars 2021

Mutations clés : B.1.617.2 : Protéine spicule – L425R, P681R; B.1.617.1 et B.1.617.3 : Protéine spicule – L425R, P681R, E484Q

Un article paru le 16 mai 2021 rassure la communauté scientifique vis-à-vis ce VOC en mentionnant que les vaccins approuvés demeurent efficaces contre celui-ci malgré les mutations qui se retrouvent dans la protéine spicule qui lui confère une légère résistance.

« Communiqué de la santé publique d’Angleterre sur le variant B.1.617 »

«The Spike Proteins of SARS-CoV-2 B.1.617 and B.1.618 Variants Identified in India Provide Partial Resistance to Vaccine-elicited and Therapeutic Monoclonal Antibodies »

«SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination»

 

VOI

Première détection

Caractéristiques

Epsilon (B.1.427/B.1.429)

Californie, États-Unis

  • Taux de transmission accrue

Mutations clés : Protéine spicule – L452R

« Transmission, infectivity, and antibody neutralization of an emerging SARS-CoV-2 variant in California carrying a L452R spike protein mutation »

Zeta (P.2)

 

Rio de Janeiro, Brésil

Mutations clés:

Protéine spicule – E484K

Eta (B.1.525)

Nigeria

Présence au Québec depuis mars 2021.

Mutations clés : Protéine spicule – del 69/70, del Y144, Q677H, E484K

Émergence du variant au Nigeria et au Royaume-Uni.

Ce variant possèdent quelques mutations de mutants préoccupants mais n’a pas de profil épidémiologique particulier pour être considéré comme un VOC pour le moment.

Theta (P.3)

Philippines

Genome sequencing and analysis of an emergent SARS-CoV-2 variant characterized by multiple spike protein mutations detected from the Central Visayas Region of the Philippines

Mutations clés : Protéine spicule – E484K, N501Y, P681H

Iota (B1.526)

New York, États-Unis

A Novel SARS-CoV-2 Variant of Concern, B.1.526, Identified in New York

Cette lignée est apparue à la fin novembre 2020 et des isolats de celle-ci compte pour environ  25 % des génomes de coronavirus séquencés à New York durant le mois de février 2021.

Mutations clés : Protéine spicule – E484K

Kappa (B.1.617.1)

Inde

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Liens d'intérêt

https://www.cbc.ca/news/canada/montreal/variant-covid-19-quebec-mauricie-india-b1617-1.5996882
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20210225_weekly_epi_update_voc-special-edition.pdf
https://docs.google.com/document/d/1ndEbiVnuKpXV4cM2T1eryr9sTSXhHHbVh1D2Ss3CHZ0/edit#
https://nextstrain.org/sars-cov-2
https://sante-infobase.canada.ca/covid-19/resume-epidemiologique-cas-covid-19.html#VOC
https://www.canada.ca/fr/sante-publique/services/maladies/2019-nouveau-coronavirus/professionnels-sante/tests-diagnostic-declaration-cas/variants-sars-cov-2-definitions-classifications-mesures-sante-publique-nationales.html

 

Services aux équipes de recherche

Visitez le site du Centre d'expertise et de services Génome Québec.

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